Третий сезон «Двух холмов» застает героев в глубокой зиме, буквально и метафорически. Прошло полгода, и теперь компания выживших, сплоченная после прошлых потрясений, пытается устроить быт в московском метро. Но иллюзия безопасности рушится, когда во время обычной вылазки бесследно пропадает Гера. Это исчезновение становится трещиной, которая раскалывает хрупкий мир, заставляя каждого сомневаться в своих соседях.

В этой неразберихе появляются новые лица и возвращаются старые призраки. Анатолий, фигура из прошлого Деда, прибывает в город с амбициозным и пугающим планом по созданию нейросети. Его появление становится той силой, что выталкивает группу из подземного заточения. Параллельно с этим бывший Хранитель Семени, Юлик, сам того не помня, становится разменной монетой в играх сильных, находя неожиданное понимание лишь у Рады.

Решение пойти по следам Анатолия дается им нелегко. Это не просто путешествие по заснеженным руинам, а шаг в неизвестность, где старые обиды и новые страхи грозят разорвать их союз изнутри. Сезон превращается в тяжелый путь, где каждый вынужден определить, что для него важнее — личное выживание или судьба тех, кто рядом.